او فوتبال را از زمین‌های خاکی جوادیه آغاز کرد و سپس به تیم‌های مهرنور و دارایی پیوست. او در سال ۱۳۶۲ مورد توجه منصور پورحیدری مربی وقت استقلال قرار گرفت و به استقلال آمد و پس از آن مراحل موفقیت را یکی یکی طی کرد.

او در نیمه نهایی جام باشگاه‌های تهران در سال ۱۳۶۴، دروازه هما را گشود و استقلال را به فینال مسابقات رساند.

او در سال‌های ۶۷ و۶۸ کاپیتان استقلال تهران بود. مصدومیت او از ناحیه زانو در سال ۶۸ در یک بازی ملی باعث شد او مدت زیادی از میادین فوتبال دور بماند. مختاری‌فر همچنین نقش اساسی در قهرمانی استقلال در جام باشگاه‌های آسیا در سال ۱۳۷۰ داشت. علیرضا منصوریان او را یکی از تکنیکی‌ترین بازیکنان تاریخ استقلال می‌خواند.

از جمله گل‌های معروف مختاری‌فر گلی بود که او در دربی سال ۱۳۶۷ به پرسپولیس زد و بازی را به تساوی کشاند.

مختاری فر همچنین حدود ۵۰ بازی برای تیم ملی فوتبال ایران انجام داد.

در روز ۹ تیر ماه سال ۱۳۸۴ در حالی که جعفر مختاری‌فر ۴۷ ساله شده بود و ۱۴ سال از زمان دوری‌اش از استقلال گذشته بود همراه عباس سرخاب ۳۹ ساله از فوتبال خداحافظی کردند. مسابقه خداحافظی آن‌ها در برابر تیم سائوپولو از برزیل برگزار شد. در این مسابقه مختاری‌فر ۱۵ دقیقه در زمین بود.

مختاری‌فر در دهه ۶۰ که نه اینترنت بود و نه پخش زنده تلویزیونی، آن‌قدر خوب بود که در روزگار محدودیت رسانه‌ای به شهرت برسد و هزاران طرفدار داشته باشد. حالا به نیمه اسفند رسیده‌ایم. روز تولد جعفر مختاری‌فر. تولد بازیکنی که خیلیی‌ها در کنارش احساس بزرگی کردند اما الان سال‌هاست که سلامش را علیک نمی‌گویند. کسی چه می‌داند شاید از میان طرفداران کنونی استقلال هم خیلی‌ها اصلا یادشان رفته که زمانی مختاری‌فر چه موجی در روی سکوها راه می‌انداخت.

مصدومیت مختاری فر

جعفر مختاری‌فر در جام ملت‌های ۱۹۸۴ بازیکن تیم ملی بود و پس از سرمربی شدن علی پروین هم دوباره به تیم ملی دعوت شد. مختاری‌فر همراه با سایر ملی‌پوشان پاییز سال ۱۳۶۸ به کویت رفت تا در تورنمنت صلح و دوستی شرکت کند. در بازی دوم مقابل گینه بود که به شدت آسیب دید و همان مصدومیت باعث شد بالغ بر ۱۵ ماه از میادین دور شود. علی پروین به شدت از این اتفاق ناراحت بود اما او که همزمان با تیم ملی هدایت پرسپولیس را نیز بر عهده داشت، همان‌جا حساب و کتاب دربی هم دستش بود و وقتی شدت مصدومیت آقا جعفر را دید، به اطرافیانش گفت: مختاری‌فر به دربی نمی‌رسه و جلو پرسپولیس بازی نمی‌کنه!

کاش فوتبالیست نمی‌شدی

جعفر مختاری‌فر جدا از تکنیک بالا، با هوش فوتبال بازی می‌کرد و به همین خاطر اطمینان داریم اگر غیر از فوتبال وارد هر عرصه دیگری نیز می‌شد، به چهره‌ای موفق بدل می‌گردید. البته اوایل دهه ۷۰ هنگامی که او خارج از تهران بازی می‌کرد اتفاقاتی رخ داد که… ای کاش فوتبالیست نمی‌شدی جعفر مختاری‌فر! ای کاش بازی‌هایت را نمی‌دیدیم و اصلا نمی‌دانستیم چنین بازیکنی وجود دارد چون بسیاری از طرفداران استقلال و حتی پرسپولیس وقتی آن روزها را دیدند و اتفاقات پس از آن را هم ملاحظه کردند، حسرت می‌خورند که چه بود و چه شد. با همه این حرف‌ها اما، تولدت مبارک.