از آنجایی که در جایی نزدیک خلیج ابوقیر کنونی قرار داشت، هر کشتی که کالایی به مصر باستان می‌آورد از این بندر به عنوان اولین ایستگاه خود استفاده می‌کرد.مورخان و فیلسوفان یونان باستان همگی به مکانی اشاره کرده‌اند که در زمان سقوط فراعنه اهمیت ویژه‌ای پیدا کرد.

این شهر در اطراف یک معبد مرکزی ساخته شده بود و توسط کانال‌هایی با چندین بندر و لنگرگاه به هم مرتبط می‌شدند. با این حال، جاذبه اصلی این کلان‌شهر، معبد بزرگ «آمون گِرِب» بود که در وسط شهر قرار داشت.

بر اساس گزارش روزیاتو، هرودوت، مورخ یونانی، تونیس-هراکلیون را به عنوان محلی که هراکلس برای اولین بار به مصر رسید توصیف کرده است. به گفته او اینجا همچنین مکانی است که پاریس، شاهزاده تروا و هلن تروایی قبل از شروع جنگ تروا همدیگر را دیدند.

در سال ۳۳۱ قبل از میلاد، اسکندر مقدونی شهر افسانه‌ای اسکندریه را ۲۴ کیلومتر دورتر از تونیس تأسیس کرد. در نهایت، شهر پر جنب و جوش اسکندر، که فانوس دریایی معروف اسکندریه را نیز در خود جای می‌داد، عظمت تونیس را از آن ربود و به مرکز اصلی تجارت در منطقه تبدیل شد.

اما چیزی که واقعاً تونیس را نابود کرد خشم طبیعت بود. با گذشت زمان، این شهر بر اثر یک رشته زلزله، سونامی و بالا آمدن سطح دریا فرو ریخت. و پس از یک سیل شدید در حدود ۱۰۰ سال قبل از میلاد، شهر تسلیم شد و تبدیل به کلان‌شهری ویرانه شد.

تعداد کمی از ساکنان آنجا ماندند تا زمانی که رومیان و حتی اعراب آمدند و بر آن حکومت کردند. اما در پایان قرن هشتم پس از میلاد، آنچه از تونیس باقی مانده بود به زیر آب رفت و از نظرها پنهان شد. بقایای آن طوری توسط شن‌ها و رسوبات پوشانده شد تا کسی حتی به‌طور تصادفی به آن برنخورد.

به مدت بیش از یک هزار سال، هویت واقعی شهر ناشناخته بود و مردم تصور می‌کردند که تنها در اساطیر و متون مقدس وجود داشته است. تا اینکه تیمی از محققان برای کشف حقیقت به اعماق اقیانوس شیرجه زدند.

تونیس-هراکلیون سرانجام در اوایل دهه ۲۰۰۰ توسط باستان شناسان زیر آب بار دیگر کشف شد.

بقایای باورنکردنی از ساختمان‌ها به همراه مجسمه‌هایی با ارتفاع بیش از ۴.۵ متر پیدا شد. مصنوعاتی مانند جام‌ها، تابوت‌ها و تخته‌های سنگی که با خط هیروگلیف حکاکی شده بودند نیز کشف شدند.

حتی وسایلی مانند کلاهخودهای جنگی، شیشه‌های عطر، لنگرها، جواهرات و سکه‌ها از بقایای تونیس بیرون کشیده شدند.

ویرانه‌ها و مصنوعات ساخته شده از گرانیت و دیوریت به طرز قابل‌توجهی حفظ شده‌اند و تصویری اجمالی به یکی از شهرهای بندری بزرگ جهان در ۲۳۰۰ سال پیش به دست می‌دهند.