طرز برخورد با حشره‌ها در آزمایشگاه‌های علمی نیز نیازمند توجه است. حشره‌ها برخی از کشنده‌ترین بیماری‌ها را به انسان منتقل می‌کنند بنابراین پژوهش درباره‌ی چگونگی کنترل آن‌ها اهمیت زیادی دارد. علاوه بر این می‌توان با بررسی ژنتیک مولکولی و ساختار عصبی‌زیستی حشراتی مثل مگس‌های میوه، درمان‌هایی را برای اختلال‌های سلامتی انسان‌ها پیدا کرد.

پژوهشگرها اغلب اوقات از سوی برخی شرکت‌های سرمایه‌گذاری تشویق می‌شوند که به جای مهره‌داران روی حشرات کار کنند؛ چرا که هیچ ملاحظاتی اخلاقی در این باره وجود ندارد؛ اما برخی روش‌های به‌کاررفته برای بررسی حشره‌ها پتانسیل ایجاد درد شدید را دارند. حشره‌ها گاهی پس از قطع دست و پایشان در موم داغ قرار می‌گیرند، کپسول‌های سر آن‌ها باز می‌شود و الکترودهایی در بخش‌های مختلف مغزشان بدون بیهوشی قرار داده می‌شود.

با اینکه احساس درد در حشره‌ها به طور قطعی اثبات نشده است، نمی‌توان این احتمال را نادیده گرفت و نیاز به پژوهش‌های بیشتری در این زمینه احساس می‌شود. از سویی برخی دانشمندان درباره‌ی قانون‌گذاری در این زمینه نگران هستند که قابل درک است؛ زیرا دولت‌ها می‌توانند قانون را به کابوس بوروکراتیک تبدیل کنند. با این‌حال شاید روش ارزشمندتر این باشد که پژوهشگرهای حشرات از روش‌هایی استفاده کنند که درد را به حداقل می‌رساند یا حداقل تعداد حشرات تحت آزمایش را کاهش دهند.

این ادعا برای تمام حشراتی که تاکنون آزمایش شده‌اند، اشتباه است. علم به ما می‌گوید روش‌های به‌کاررفته برای کشتن حشرات پرورش‌یافته از جمله پختن، جوشاندن یا استفاده از امواج مایکروویو پتانسیل درد شدید را دارند و البته از آن‌ها برای اهداف خوبی استفاده نمی‌شود. بخش زیادی از این صنایع به دنبال جایگزین‌کردن مصرف گوشت مهره‌داران با حشرات نیستند، بلکه اغلب حشرات سلاخی‌شده طعمه‌ی حیواناتی مثل ماهی سالمون یا مرغ می‌شوند که برای مصرف انسان پرورش می‌یابند.

با این‌حال حتی اگر هدف ما جایگزینی گوشت مهره‌داران باشد نیاز به مدرکی علمی برای روش‌های انسانی کشتار و شرایط پرورش قابل دفاع برای حشره‌ها داریم. همچنین ممکن است این شواهد به رنج کمتر در مراحل نوزادی برخی گونه‌ها اشاره کنند، اما تا زمان دستیابی به آن‌ها باید محتاطانه رفتار کنیم.

متأسفانه رژیم غذایی گیاه‌خواری یا وگان لزوما خالی از نگرانی‌های اخلاقی در جهت آسایش حشرات نیست. بسیاری از حشره‌ها دارای ذائقه‌ی مشترک با انسان در برگ‌ها، ریشه‌ها، سبزی‌ها و میوه‌های گیاهان هستند. درنتیجه، سالانه چندین میلیون تن آفت‌کش در سراسر جهان برای تولید غذای ارزان و دستیابی به حداکثر سود به کار می‌روند. این آفت‌کش‌ها می‌توانند بی‌شمار حشره و بسیاری از موجودات دیگر را مسموم کنند و به کام مرگ بکشانند. اغلب این مرگ‌و‌میرها در فرآیندهای آهسته‌ای رخ می‌دهند که چند روز به طول می‌انجامند.

صرفا حشره‌های گیاه‌خوار تحت تأثیر قرار نمی‌گیرند. پیامدهای شدید حشره‌کش‌هایی مثل نئونیکوتینوئید روی زنبورها به خوبی مستند شده‌اند. گرچه تراکم این حشره‌کش‌ها در شهد گل‌ها و گرده‌ها نسبتا پائین است و به‌صورت فوری آن‌ها را نمی‌کشد، می‌توانند بر مهارت‌های یادگیری، راهیابی، بازدهی در خوراک‌یابی و موفقیت تولید مثل و در نهایت جمعیت زنبورهای وحشی تأثیر بگذارند. آسیب‌ به زنبورها نگران‌کننده است؛ زیرا این حشرات برای عملکرد انسان ضروری هستند: آن‌ها محصولات و گل‌های باغ را گرده‌افشانی می‌کنند؛ اما آفت‌کش‌ها پتانسیل آسیب شدید به زنبورها و دیگر حشرات را دارند.